【特捜9season6】の全話ネタバレとあらすじ•井ノ原演じる浅輪主任が奮闘！難事件を解決！

ドキュメンタリー動画制作会社のディレクター・本条美緒（水崎綾女）が自宅寝室で死んでいるのが見つかった。浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場したところ、室内には争った形跡があり、何者かともみあいになった末、室内にあった三脚で殴られたものと思われた。
夫の悠太（鈴之助）は事件当日の朝、急いで出かける美緒を見送ったあと、近所のスーパーに買い物に行ったが、それ以外は自宅にいたという。美緒は悠太が不在の間に帰宅し、侵入した何者かに寝室で殺されたのだろうか…。直樹は現場から破られた不妊治療の同意書を発見するが、悠太に確認したところ、なぜ破れているのか覚えていないと言葉を濁す。
美緒の勤務先を訪ねた直樹は、彼女が生前、悪質商法や特殊詐欺などかなり危険な取材をしており、個人的に追っていたネタがあるとつかむ。それがどうやら同じ不妊治療クリニックに通う“妊活仲間”川崎留美（沢井美優）とその夫・斗真（古澤蓮）に関することらしいと発覚。いったい美緒は、夫婦の何を探っていたのか!?　村瀬志保（羽田美智子）らは美緒と留美が同じ妊活セミナーに出入りしていたことをつかむが、そんな中、悠太が青柳靖（吹越満）らの追跡をまいて姿をくらましてしまう。

　住宅街にある階段の植え込みから、弁護士・上原弦太（平埜生成）の遺体が見つかり、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場する。被害者は何者かに殴られた勢いで転落し、頭部を打ったものと思われた。そんな中、青柳靖（吹越満）が植え込みの中から、小さなバッジを発見。現場近くの私立高校の校章だとわかる。
もしや生徒による犯行なのか…!?　直樹たちが副校長・下川修三（佐伯新）に事情を聴いたところ、上原は学校で起きた問題に法的立場からアドバイスする“スクールロイヤー”を務めており、最近ではダンス部のトラブルに対応していたことが明らかになる。ダンス部顧問・石上仁美（吹越ともみ）によると、1カ月ほど前から校外の練習場所に部員たちの活動をのぞき見するような不審人物が現れるようになり、上原に相談し追い払ってもらったという。だがその際、男ともめたようで、以来、上原はダンス部の放課後練習を毎日のように見張っていたらしい。
その矢先、現場に落ちていた校章バッジは、足のケガで休部中のダンス部部長・畑中美玖（長澤樹）のものと判明。美玖はどこで校章を落としたのかもわからないと関与を否定するが、やはりダンス部が事件と関係しているのか!?　それとも上原を逆恨みした不審な男の犯行なのか!?

居酒屋チェーンの社長・城川太一（戸井勝海）が殺されたと聞き、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は現場へ…。しかし臨場したところ、なんと“遺体がない”ことが発覚する。
通報者で城川の秘書・紺野亜由美（我妻三輪子）によると、朝から社長と連絡が取れなかったため、スマートフォンの位置情報を頼りに付近を探し歩き、路地裏に大量の血だまりと城川の携帯電話を発見。動転して「殺人事件が起きた」と通報してしまったという。その後、事件の夜、何者かがスーツケースを引いて歩くような音を耳にしたという近隣住民からの証言も浮上。犯人は殺害後、スーツケースに入れて遺体を運んだのだろうか!?
まもなく、妻・早紀（片岡礼子）や専務の槇村俊平（大迫一平）の話から、城川は最近、生物学者・小田嶋博史（水橋研二）の研究に興味を持ち、1億円も投資していたとわかる。小田嶋は不老不死の能力を持つクラゲを研究しており、そのメカニズムを人類に転用できないかと模索していた。さらには、おしどり夫婦のイメージで知られていた城川夫妻の仲が実は冷え切っており、城川が数々の秘密を抱えていたことも明らかになる…。
やがて、この遺体なき殺人事件は予想だにしない展開へ…。監察医・早瀬川真澄（原沙知絵）は特捜班の依頼により、前代未聞の検視に挑むこととなるが。

人気洋食店の店主・今井信彦（大堀こういち）が厨房で頭部から血を流して殺害されているのが発見され、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場する。鍋の中には煮込み途中らしいビーフシチューが残されており、仕込みの最中に何者かに襲われたものと思われた。
今井は味に厳しい職人気質の料理人で、妻亡きあと、息子の安彦（山口貴也）と２人で店を切り盛りしていたが、５年前に父子は激しく衝突。仲違いした末に、安彦は出て行ったという。
そして３年ほど前からは、岸川恭弥（山口大地）という従業員が今井を手伝ってきたが、店の看板メニューであるビーフシチューに関しては今井が工程のすべてを担当。直樹は現場に未開封の野菜ジュースのパックが置いてあったことを不思議に思うが、岸川もなぜかはわからないという。
ところが、現場の遺留指紋を照合したところ、衝撃の事実が判明する。なんと岸川は未成年だった10年前、強盗致死事件を起こし、少年院に送致された過去を持っていたのだ。しかも殺された今井が３週間前、800万円という大金を預金からおろしていた事実が浮上。もしや、岸川が金銭目的で殺害したのか…!?　そんな中、直樹は岸川の靴が泥で汚れていることに気づくが。

警視庁が公開している身元不明遺体の似顔絵を見たという女性・関口エリ（宮田早苗）が、「どういうことか説明してほしい」と抗議にやって来た。エリによると、５年半前に亡くなった”行旅死亡人”の女性の似顔絵が娘・萌絵（工藤遥）にそっくりだが、萌絵は生きているはずだというのだ。いったいどういうことなのか!?　疑問を抱いた浅輪直樹（井ノ原快彦）は、エリから詳しい事情を聴くことに…。
エリの娘、萌絵は10年ほど前、劇団女優を志して家出同然で上京。エリは８年前、内緒で公演を見に行って以来、娘とは会うことも声を聴くこともしていないが、毎年、エリの誕生日には萌絵からプレゼントと直筆の手紙が届くという。エリはまた、身元不明遺体の服装が萌絵の趣味とはかけ離れて派手なものであることや、遺留品の中に愛用の指輪がないことも娘とは違う人物である証だと主張するが、似顔絵があまりにもそっくりなのが解せないと話す。
萌絵は生きていてるのか!?　それとも彼女の死を隠したい第三者が萌絵だと偽ってエリに手紙を送っているのか!?　手がかりを求めて劇団を訪ねたところ、代表の松島信人（おおたけこういち）、劇団出身の声優・小川奈央（北原里英）は、萌絵は６年前に理由も言わずに劇団を辞めたと証言。それ以来、行方を知らないと話す。
その後、３年前に萌絵の姿を見たという人物が浮上！　やはりエリのいうとおり、彼女は生存しており、犯罪に巻き込まれて身を隠しているのか!?　謎はさらに深まり…!?

浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班に、特殊事件捜査係から緊急応援要請が入った。都内の大型ニュータウンに暮らす小学６年生・篠原吉宏（嶺岸煌桜）が学校帰りに何者かに誘拐され、父・信一郎（金子岳憲）の携帯電話に身代金を要求する脅迫メールが届いたという。現場は奇しくも直樹が子ども時代を過ごした場所で、直樹はまさか自分が住んでいた街の事件を担当するなんて…と驚きながらも極秘捜査をスタートする。
現在、幹線道路が工事中のため、ニュータウンに出入りするには３つの橋のいずれかを徒歩で渡らなければならず、監視カメラをチェックした結果、吉宏の姿は確認できなかった。つまり被害者は地域内で監禁されており、犯人はニュータウン内に暮らす住民である可能性が高いと思われた。
特捜班メンバーは、吉宏と同じ小学校に通う子どもたちに、それとなく聞き込みを開始。青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、吉宏が誘拐された日、サングラスをかけた見知らぬ男と一緒にいたという目撃証言を得る。一方、村瀬志保（羽田美智子）と高尾由真（深川麻衣）は事件当日の帰り道、吉宏がスーツケースを持った怪しげな女と話していたという目撃証言をつかみ、それぞれ行方を追跡する。
そんな中、直樹は吉宏の部屋から錆びた鉄の輪を発見。それがいったい何なのか、気にかかるが…!?　そして、刻一刻と身代金受け渡しのタイムリミットが近づく中、直樹は謎の少年を見かけて後を追うが…!?