やみ‐よ【闇夜】の意味は、たしかに「暗い夜。月のない夜。」など。月がないから暗いので、たしかにあり得ないことです。

ここから個人の解釈です。
「闇夜」は、本編の磯村吟（浜村淳）アナウンサーのセリフです。
闇夜を単に「暗い夜」という意味で使っていて、詩的な感じで「ブラック」「ダーク」なイメージで使っていると思いました。
ジョーは戦災孤児だったのですが、どこか悲し気な音色として磯村アナは聞こえてるのかもしれません。
ジョーの抱える「影・闇・寂しさ」みたいのを「闇夜」って例えたのかな？と思いました。

また、厳密には・・・闇夜でも（月が雲に隠れて暗い夜でも）月は宇宙に浮かんでいます。地上から見えてないだけです。
暗い音色の中にも光るものが存在してる、みたいな感じで使ってるのかな、とも思いました。（あくまで個人の解釈です）
結局、磯村さん本人（というか脚本家）しかわかりませんが（笑）